En principio no tienes por qué tener problema alguno. Si la versión es la oficial, simplemente le tienes que especificar que es una actualización para que te conserve los archivos y los créditos. Aun así, aquí hemos tratado el tema de cómo migrar a un mod del emule. Pincha este enlace, donde especificamos qué carpetas son importantes por si quieres hacerlo de una forma más segura. No es tu caso, pero te puede servir de guía por si quieres hacer una copia de seguridad.